各種ポップアップウインドウ
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ステータスウィンドウ(Pキー)
Pキーを押すことで画面にポップアップされるウインドウ。自身のキャラクターに関連した各種データを見ることができる。 Pを押せばステータスウインドウの下にインベントリ(キューブ)ウインドウが一緒に開かれる。インベントリウインドウだけ開きたい時はIキーを押せば良い。

インベントリ／キューブウインドウ(Iキー)
Iキーを押すことで画面にポップアップされるウインドウ。自身が現在所持しているアイテムを見られるウインドウだ。キューブと自身が持っているインベントリを意味している。村や都市のキューブ工房関連商人NPCにお金を渡す事で拡張することができる。

クエストウィンドウ(Jキー)
Jキーを押すことでポップアップされるクエスト関連ウインドウ。ゲーム上で進行されている各種クエスト、ミッション、製作依頼関連情報をこのウインドウで調べることができる。クエスト　インジケーターと連動して使えばより一層便利だ。恐らくゲームをプレイする際、最も多く押すことになるショートカットキーがJだろう。

スキルウィンドウ(Kキー)
Kキーを押すことでポップアップされるウインドウ。主にショートカットに移すことで、頻繁に使用する事ができる各種スキル、および行動が整理されているウインドウだ。

マクロ　ウィンドウ(Uキー)
ゲームを便利にプレイするためのマクロを製作するウインドウ。単純にマクロを作るだけではなく、マクロ作り方に対する例も表示されているのでマクロについてよく分からない人も簡単につくることができる。もう少し詳しいマクロの作成法についてはシステムのマクロ項目を参照しよう。

個人商店(Yキー)
Yキーを押すことで個人商店ウインドウが現れるが、ここから自身が所有したアイテムを他のユーザーに売ることができる。個人商店ウインドウに自身のインベントリにあるアイテム中、八つのアイテムを上げ、価格を定めてメッセージを定めて、販売開始ボタンを押せばいつでも、どこでも個人商店を広げることができる。

ヘルプウインドウ(Hキー)
ゲームプレイ時問題が生じた時、ヘルプを表示させることができるウインドウ。このウインドウから、初心者ヘルプやチャットコマンド、知識エンチャントやパワーウィキのページを確認することができる。

フォース　ウィンドウ(Lキー)
フォース関連各種メニューを使用できるウインドウ。フォースは総4個のパーティーで成り立ちながら、パーティー別最大人数は6人。すなわち最大24人のフォース院らを集めることができる。フォース員を招く時とか、自分が属したフォースの状況を把握する時も必ず見なければならない。

レギオンウィンドウ(Gキー)
ゲーム上でよく言及されるギルド(guild)やクラン(clan)等、同じ目的を持った人らの集団をアイオン上ではレギオンと呼ぶ。このウインドウでは自身が属したレギオンの情報を見られながら、当然の話だが、自身がレギオンに所属していないならばこのウインドウを呼び出すのは不可能だ。レギオンに所属するためには自分が直接創設したり、でなければすでに創設されている他のレギオンに加入する2種類方法がある。

友人検索(Vキー)
アイオン上で知り合った他のPCらに対する情報を閉じ込めておくウインドウ。友人目録項目では友人に追加したいターゲットを選択して、友人に登録ができて、ひとまず登録されればその友人らに対する現在状況(名前、レベル、クラス、エリア、ステータス)が簡略に整理されるとみられる。
また検索項目では現在のようなサーバー中でプレイしている同じ種族PCらに対して名前、レベル、クラス、地域別で検索することができるし、これを利用して、一緒にプレイするパーティーメンバーを探してみるのも可能だ。

マップ(Mキー)
Mキーを利用して呼び出す事もできレーダ右側下段のボタンを押しても呼び出すことができる、タワーオブアイオン全体エリア情報を見られるのかも。事前上の位置探し機能を利用すればモンスターの位置がこのマップ上に表示になりながら、クエスト付与、完了NPCなどの位置またそれぞれのマークと表示されるので、これを見ながら、ゲームを進行すれば不必要な時間を節約することができる。

半透明マップ(Nキー)
一般マップとは違い背景が半透明に処理されるので、移動中や戦闘中にマップを見ることができる便利なモード。

システムメニュー(Oキー)
ゲーム終了：タワーオブアイオンを安全に終了する時に使用
リスタート：キャラクター選択画面に移動して、他のキャラクターを選ぶ時に使用
環境設定：ゲーム上の各種設定(ゲーム設定、グラフィック設定、サウンド設定、キー設定)ウインドウを載せること
キャンセル：システムメニュー閉じる